MICROBIOTE

Etude AIDS gut microbiota : Corrélation de la biodiversité du microbiote digestif de patients séropositifs pour le VIH avec leur état immunitaire

Nos objectifs seront d’étudier les modifications du microbiote digestif des sujets séropositifs par pyroséquençage en fonction du taux sérique de CD4 et à la charge virale et de les corréler à d’éventuelles infections invasives. De plus, nous étudierons une corrélation entre la composition du microbiote avec des paramètres biologiques d’activation monocytaire (IL-6, TNF-α, IP-10) et lymphocytaire (expression de CD38 et HLA-DR), de translocation bactérienne et d’intégrité de la barrière épithéliale. Enfin le microbiote digestif de patients Elite controller sera spécifiquement étudié et comparé à celui des autres patients

Période du projet :

2013 - 2015

Membre(s) SESSTIM du projet :

Roch GIORGI

Commanditaires :

Agence Nationale de Recherche sur le Sida et les hépatites virales (ANRS).

Partenaires :

Institut Hospitalo-Universitaire Méditerranée Infection (IHU) , Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Hôpital Henri Mondor , Assistance Publique - Hôpitaux de Paris, Hôpital Kremlin Bicêtre.

Thèmes :

Maladies transmissibles, Infection à VIH

Problématique:

Le microbiote digestif correspond à l’ensemble des micro-organismes du tube digestif humain. Peu d’étude ont étudié de façon exhaustive la composition bactérienne de ce microbiote chez les sujets séropositifs pour le VIH. En revanche les patients séropositifs sont plus susceptibles de faire des infections invasives à pneumocoque et une relation entre une désertification du microbiote et une infection invasive à pneumocoque été récemment rapportée chez une patiente traitée pour une tuberculose multirésistante. Des travaux préliminaires ont montré que la composition du microbiote digestif des sujets séropositifs était atypique au rang du phylum dès que les patients avaient moins de 600 CD4/mm3. De plus, des données récentes semblent indiquer une corrélation entre la composition du microbiote et la restauration des lymphoctytes CD4 sous traitement antirétroriviral.

Méthode :

Cette étude multicentrique inclura 100 patients dans 4 sites distincts : Paris Mondor, Paris Kremlin Bicêtre, Marseille Nord et Conception. Les patients Elite controller seront inclus préférentiellement à Paris Kremlin Bicêtre. L’étude du microbiote nécessitera 1 selle par patient et sera étudié par pyroséquencage de l’ARN 16 S ciblant la région V6 avec analyse séquences d’OTU à Marseille (Laboratoire du Pr Raoult). Les études immunologiques seront faites dans l’équipe B INSERM U 995 et nécessiterons 1 tube de sang et 1 tube de sérum.

Perspectives :

Nous nous attendons à pouvoir décrire de façon exhaustive le microbiote digestif de sujets séropositifs qui est modifié selon des travaux préliminaires. Nous corrélerons ces perturbations au statut immuno-viral et à d’éventuelles infections invasives bactériennes. De plus l’étude de ces modifications de ce microbiote permettra d’étudier si elles modifient la balance entre signaux régulateurs et inflammatoires dans l’intestin ce qui pourrait avoir un impact sur l’activation chronique observée au cours de l’infection à VIH.