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La transmission du paludisme en Afrique du Sud (SA) est très localisée et se produit principalement dans les zones de basse altitude des provinces du Limpopo, du Mpumalanga et du KwaZulu-Natal, zones frontières du Zimbabwe et du Mozambique. Environ 10% de la population (soit 5,1 millions d’habitants) (OMS-SA2017) vit dans des zones à plus haut risque de paludisme. P. falciparum représente la majorité des espèces plasmodiales présentes, maladie potentiellement mortelle. Bien connu depuis les années 1950, le vecteur principal est Anopheles arabiensis, du complexe gambiae. Grace à une politique volontariste associant le diagnostic et le traitement rapides à la lutte anti-vectorielle, le nombre de cas de paludisme a diminué de 2000 à 2011, réduisant l'incidence nationale de 11,1 à 2,1 cas de paludisme / 1 000 habitants. Cependant, depuis 2011, le taux d'incidence est resté relativement stable, oscillant jusqu’à un minimum de 0,8 cas / 1 000 habitants. Le nombre de cas de paludisme importés représentent nationalement 63%, voire plus de 80% pour certaines zones géographiques. Le risque de paludisme est ainsi hétérogène en fonction des périodes et des lieux. Parmi les 3 Provinces du nord, la Province du Limpopo est la plus touchée, et, plus précisément, le Vhembe District Municipality (VDM), principal district touché d’Afrique du Sud (Maharaj2012) : de 1998 à 2007, 66% des cas signalés dans le Province du Limpopo provenait de ce district (Gerritsen2008) ; en 2014, ce district représentait plus de 60% de la totalité des cas (nationalement) signalés (Rama2016). Au sein du district de Vhembe, la vallée du fleuve Limpopo (LRV) a rapporté 15 739 cas de janvier 1998 à mai 2017, soit 27% des cas signalés dans le district de Vhembe (Adeola2017).
Au cours de la saison estivale 2016-2017, les pluies ont commencé tardivement après une longue période de sécheresse, jusqu’à observer des inondations importantes. Les personnes les plus vulnérables, vivant dans les zones rurales reculées, ont été les plus touchées. Les conditions environnementales chaudes et humides ont favorisé le développement de vecteurs. Le nombre de cas de paludisme dans toute la province du Limpopo a augmenté de 909 cas à 2 839 entre janvier et avril 2017. La grande majorité des cas ont été observés dans la vallée du fleuve Limpopo, dans des zones d’agricultures intensives, dans les villages où les migrants (notamment travailleurs saisonniers) sont logés, bordant le Zimbabwe et le Mozambique.
Les programmes de lutte sont mis en échec, malgré les efforts financiers et humains consentis. La combinaison de précipitations intenses après sècheresses, de températures élevées et d’une lutte anti-vectorielle mal ciblée semble être la cause de ces pics. Cependant, aucune donnée scientifique n’existe permettant ni de soutenir cette hypothèse ni d’optimiser les programmes de lutte, et d’autres déterminants locaux doivent être envisagés, notamment la mobilité des personnes, le changement de comportement des vecteurs, des modifications de l’environnement. Les partenaires sud-africains du projet ont évalué, pour 2 localités, les relations entre les facteurs climatiques et environnementaux et l’incidence du paludisme, confirmant la tendance saisonnière et en soulignant l'influence de l’irrigation agricole (Adeola2016). Les résultats d’études entomologiques sur un village font suspecter un changement dans les espèces vectorielles, avec la présence non négligeable d’Anopheles quadriannulatus et Anopheles rivulorum, dont le comportement diffère sensiblement d’Anopheles arabiensis (Mouatcho2018, Cornel2018).
 Au-delà de ces premiers résultats, et malgré le nombre élevé de cas dans la vallée du fleuve Limpopo, aucune information n’est disponible sur l'épidémiologie du paludisme, le portage parasitaire, l'identité vectorielle, la dynamique de transmission dans cette région.
Le consortium, qui sera établie dans le cadre du présent projet « pépinière d’excellence », vise à étudier, dans une approche transdisciplinaire, « eco-health », la dynamique du paludisme résiduel dans la zone transfrontalière du Limpopo, pour fournir aux décideurs des informations essentielles pour développer de nouvelles stratégies de lutte ciblées. Cette étude est en ligne avec l’initiative « Elimination 8 » (E8) qui regroupe 8 pays d’Afrique Australe, faisant converger les efforts pour éliminer le paludisme (E82017). Le consortium a obtenu également le soutien des autorités provinciales et nationales, en particulier les services en charges de la lutte contre le paludisme.

Hypothèse
Dans la vallée du fleuve Limpopo, il n'y a, actuellement, aucune connaissance de la dynamique spatio-temporelle du paludisme, à l’origine de la persistance et la récurrence des épidémies. C’est un constat d’échec de l’investissement national contre le paludisme, sans que les causes de cet échec soient connues. Il est nécessaire de comprendre le rôle respectif des différents facteurs environnementaux (végétation, eau, occupation des sols), météorologiques (pluies, températures, vent, humidité, évapotranspiration), sociaux (densité de population, urbanisation, la mobilité, vulnérabilités, populations « cachées », comportements), afin d’optimiser les programmes de lutte contre le paludisme.