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Van Gogh

Evaluation des dynamiques épidémiques et des mesures collectives de freinage de l’épidémie de Covid-19 à l’échelle des Iris dans les métropoles et au niveau rural en région Paca

L’objectif principal de cette étude est d’évaluer les dynamiques différenciées selon la défavorisation sociale dans les métropoles en France, et en zone rurale en région Paca, tenant compte des environnements différents, et d’identifier les évolutions différenciées suivant l’introduction des mesures collectives de contrôle de l’épidémie.
Plus spécifiquement, le projet présente 4 parties :
- Analyse des taux de dépistage, incidence et positivité des métropoles en France ;
- Analyse des taux de dépistage, incidence et positivité dans les territoires ruraux de la région Paca ;
- Analyse des taux d’hospitalisation, admission en réanimation/soins intensifs, décès hospitaliers en région Paca ;
- Identification des processus de production de la vulnérabilité territoriale.
 

Project period
-
Main investigator

Jean Gaudart

Non-SESSTIM member(s) of the project

Pascal Chaud (Santé publique France) ; Stéphanie Vandentorren (Santé publique France) ; Cyrille Delpierre (UMR CERPOP Toulouse)

Sponsors:

Santé publique France

Research question:

Jusqu'à ce que la vaccination soit généralisée, la réponse au Covid-19 dépendait largement du dépistage, de la recherche des contacts, et de l'isolement des cas et des contacts pour prévenir de nouvelles infections. Pour être efficace, cette stratégie nécessite un accès suffisant au dépistage et à la vaccination, et, plus généralement, au système de santé. Les tests Covid-19 sont entièrement subventionnés pour la majorité de la population française. Pourtant, l'accès n'est pas uniforme en raison d'obstacles tels que, par exemple : le manque de structures de dépistage dans certaines zones rurales et dans les quartiers urbains défavorisés, les systèmes de rendez-vous en ligne ou par téléphone dans les périodes où les capacités de dépistage sont limitées, et les déterminants individuels du comportement de santé, ainsi que les nombreux facteurs contextuels de défavorisation. 
Dans le cadre de la lutte anti-Covid à Marseille, des équipes mobiles, de médiateurs et de soignants à domicile, ont été chargées de faciliter l'identification et le dépistage des contacts, ainsi que de fournir une assistance médicale et sociale aux cas non graves de Covid-19. Leur déploiement a pu être priorisé en fonction des tendances épidémiques locales actuelles, mais doit tenir compte des inégalités territoriales dans l'accès au dépistage.

Enfin, au-delà des actions individuelles de prévention et de prise en charge médico-sociale, les mesures collectives visant à réduire les contacts interpersonnels ont permis de réduire, sur le territoire métropolitain, la diffusion du virus : confinement strict (notamment au cours de la 1ere vague épidémique) ou moins stricte (au cours des vagues suivantes), couvre-feu à des horaires variables etc.

En collaboration avec la cellule régionale de Santé Publique France, et l’ARS Paca, nous avons évalué l’impact de l’épidémie sur la région Provence Alpes Côte d’Azur, en fonction de la défavorisation sociale. Si les premiers résultats confirment l’impact différentiel de l’épidémie, en termes de dépistage, d’incidence et d’hospitalisation, l’effet, différencié selon les contextes sociaux, des mesures de contrôle mise en œuvre reste à approfondir.

Method:

Cette étude écologique nécessite l’obtention des données de dépistage et de cas aux échelles semaine-Iris sur l’ensemble de la région Paca et pour les métropoles françaises. 
- Les données d’hospitalisation, réanimation/soins intensifs et décès hospitaliers seront obtenues auprès de l’ARS Paca aux mêmes échelles.
- Pour la caractérisation de la défavorisation sociale, les données sont déjà en accès libre pour les métropoles : données de recensement de l’Insee (population totale, par classes d’âge, par catégorie socio-professionnelle, densité de population, ainsi que divers indicateurs socio-démographiques et d’infrastructures techniques, administratives et commerciales), de la base publique d’équipements (nombre de professionnels de soins de premier recours, présence d’ehpad), et de la Drees (accessibilité potentielle localisée aux médecins généralistes, APL, à l’échelle de la commune). Les données spécifiques des quartiers prioritaires de la politique de la ville (QPV) en accès libre seront également utilisées. 
- Les données de vaccination seront demandées à l’assurance maladie aux mêmes échelles, comme facteur supplémentaire impactant de façon différenciée l’évolution des courbes épidémiques (à défaut de l’échelle de l’Iris, une analyse multi-échelle pourra être réalisée).
- Par ailleurs les données environnementales en accès libres seront collectées (occupation des sols – Corine Land Cover, densité de bâti, réseau routier, altitude, pluviométrie, températures minimales et maximales…), pour établir des profils environnementaux associés.
La mise en cohérence les différentes données obtenues sera réalisée par un ensemble de scripts R (R Markdown) réutilisables, automatisant la construction de fichiers d’analyses communs. La détection de données aberrantes sera également automatisée. 
Les analyses suivantes seront réalisées par métropole, avec un focus sur les QPV, et, de façon indépendante, pour le territoire rural de la région Paca.
Les courbes des taux de dépistage, d’incidence, et de positivité seront tracées selon les profils obtenus. En les découpant (et agrégeant les données) par vague épidémique, l’impact des profils de défavorisation et d’environnements sera évalué à l’aide d’un modèle additif généralisé mixte, permettant de prendre en compte la structure spatiale par un champ markovien gaussien, la structure temporelle par un autorégressif, les éventuelles relations non linéaires par lissages splines, et la surdispersion par un modèle binomial négatif. Cette approche permettra d’estimer les rapports d’incidence standardisés associés aux facteurs étudiés.
Le même plan d’analyse sera réalisé pour chaque métropole française séparément (avec un focus sur les QPV), et pour la zone rurale de la région Paca. Pour les métropoles de Marseille et Nice particulièrement étendues et hétérogènes, un focus sera fait sur les zones urbaines.
Une approche similaire sera mise en œuvre sur les indicateurs de sévérité en région Paca (taux d’hospitalisation, taux d’admission en réanimation, taux de décès hospitalier), en différenciant zones urbaines et zones rurales.

Pour étudier l’impact des mesures collectives sur la dynamique épidémique, une analyse de données fonctionnelle (FDA) sera réalisée indépendamment pour chaque vague épidémique (autour des dates d’introduction des mesures), permettant d’estimer les vitesses des indicateurs épidémiques, et l’évolution des nombres de reproduction effectifs (R effectifs). Cette approche permet de classer des courbes et leurs dérivées, selon différents profils de courbes, puis de mettre en relation ces profils avec les classes de défavorisation.

Chaque territoire de santé ainsi identifié et correspondant à des niveaux de vulnérabilité spécifique sera étudié par des investigations qualitatives (entretiens auprès de personnes ressources) afin d’identifier les déterminants de la production du risque et d’éventuels leviers sur lesquels pourra s’appuyer une résilience collective.

Research prospects:

L’utilité en santé publique réside en l’identification de territoires et de contextes particuliers plus touchés par l’épidémie de Covid-19 et moins réceptifs aux mesures collectives. Au-delà de la Covid-19, l’intérêt est de partager une méthode de travail collaborative entre différentes institutions et disciplines, dans le cadre de la prise en compte des inégalités sociales de santé.
Les résultats du projet apporteront des éléments factuels sur les territoires et contextes de défavorisation sociale nécessitant des interventions spécifiques ciblées sur des territoires et adaptées aux contextes socio-économiques locaux, dans le cadre de l’épidémie de Covid-19 et au-delà.